惶瑟据介绍，香港海防博物馆目前有4个关于抗日战争历史的展览厅，内容涵盖日本侵华、香港沦陷、东江纵队港九独立大队敌后活动和战士贡献，以及日本投降等中国抗日战争历史。馆内的“历代防务建置”展览厅重点介绍唐代到清代的香港防务历史，“不平等条约与香港割占”展览厅则阐述3条不平等条约的背景及英国强占香港的历史。

改设后的香港抗战及海防博物馆将推出一系列多元化的公众及教育活动，包括专题讲座、历史考察、工作坊、巡回展览和互动剧场等，也会定期举办与抗战相关的专题展览，并与内地的文博机构合办有关展览，让观众对抗战历史有更深切的认识。为加强阐述香港与内地海防历史的关系，博物馆内也会增设展览空间，介绍香港及广东一带的海防工事，以提高市民、学生、内地及海外旅客对中国海防历史的兴趣。