《指导意见》指出，各级水行政主管部门和流域管理机构要坚持法定职责必须为，法无授权不可为。要压实水行政执法主体责任，改变重审批轻监管的行政管理方式，把更多的行政资源从事前审批转到事中事后监管上来。健全以“双随机、一公开”监管和“互联网＋监管”为基本手段、以重点监管为补充、以信用监管为基础的新型监管机制。加大对防洪安全、供水安全、工程安全，水资源水生态水环境保护及水利工程建设质量与安全等关系群众切身利益的重点领域执法力度。各级水行政主管部门、流域管理机构内设的法制工作机构要加强对本级行政决策、行政执法工作和重大水行政执法案件办理的业务指导，严格落实法制审核制度。完善水行政执法标准规范，落实行政裁量权基准制度，统一执法案卷和文书标准。

《指导意见》明确，大力推进跨领域跨部门联合执法，实现违法线索互联、执法标准互通、处理结果互认。综合行政执法改革地区，水行政主管部门要主动对接综合行政执法部门，实现日常监管与综合执法有机衔接。动态调整下放乡镇(街道)行政执法事项，各省级水行政主管部门要积极配合司法行政部门，协助做好已下放乡镇(街道)的水行政执法事项的定期评估工作。加强常态化执法监督和执法专项监督，健全司法行政部门与水行政主管部门执法监督协调联动机制。

之后百度网盘《指导意见》以提升执法质量和效能为目标，重点从总体要求、压实主体责任、完善标准规范、健全协作机制、加强监督考核、强化工作保障等六方面进行阐述，完善水行政执法体制机制，规范水行政执法行为，有效解决涉水违法违规问题，为新阶段水利高质量发展提供有力法治保障。