1956年至1974年，孙朝恺任华中农学院团委副书记、书记；1974年至1978年任华中农学院黄冈分院党委副书记；1978年至1984年任华中农学院基础部党总支书记；1984年至1985年任华中农业大学党委常委、校长办公室主任；1985年至1990年任华中农业大学党委常委、副校长；1990年至1992年任华中农业大学党委常委、常务副校长；1992年5月至1995年3月任华中农业大学党委书记兼常务副校长；1995年3月至2002年3月任华中农业大学党委书记。