其后，于会文又赴四川攀枝花工作，并于2016年从攀枝花市委副书记的岗位上回到四川省环境保护厅，先后任党组成员、副书记、党组书记，次年1月任四川省环境保护厅厅长。机构改革后，于会文出任四川省生态环境厅厅长。

2019年12月，于会文调任重庆市大足区委书记，并于2021年8月转任渝北区委书记，次年5月当选为重庆市委常委，后兼任万州区委书记。

全民超人汉考克据人社部网站4月11日消息，曾任重庆市委常委、万州区委书记的于会文出任生态环境部副部长。稍早前，他已获任生态环境部党组成员。